2026 재개발·재건축 조합원입주권 양도세｜비과세·주택수·계산방법

재개발·재건축 사업이 진행되면 기존 주택은 일정 시점부터 조합원입주권으로 바뀝니다. 이후 입주권을 양도하거나 다른 주택을 처분할 때는 입주권 취득 시점, 기존 주택 보유기간, 추가분담금, 다른 주택 보유 여부를 함께 확인해야 합니다.

특히 조합원입주권은 일반적인 아파트 분양권과 세법상 판단 기준이 다릅니다. 기존 주택을 보유하다 입주권을 받은 원조합원인지, 다른 조합원에게 입주권을 매수한 승계조합원인지에 따라서도 양도차익 계산과 장기보유특별공제 적용 결과가 달라질 수 있습니다.

기준 시점: 2026년 8월 20일
재개발·재건축 세금은 사업 단계와 계약 내용에 따라 결과가 달라질 수 있으므로 실제 양도 전에는 관리처분계획인가일, 취득계약서 및 조합 정산자료를 기준으로 확인해야 합니다.

3줄 요약

조합원입주권은 세법상 주택 수 판단에 포함될 수 있어 다른 주택의 비과세 여부에도 영향을 줍니다.
원조합원의 입주권 양도차익은 일반적으로 관리처분계획인가 전 기존 부동산 부분과 인가 후 입주권 부분으로 나누어 계산합니다.
1세대 1주택자가 보유하던 주택이 입주권으로 전환된 경우에도 법에서 정한 요건을 충족하면 비과세 특례를 적용받을 수 있습니다.

조합원입주권이란?

조합원입주권은 재개발·재건축 사업의 조합원이 정비사업 완료 후 신축 주택을 공급받을 수 있는 권리입니다.

일반적으로 다음 시점부터 기존 주택이 조합원입주권으로 전환된 것으로 판단합니다.

도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획인가일
소규모주택정비사업의 사업시행계획인가일
인가 전에 기존 주택이 철거된 경우에는 실제 철거일

따라서 단순히 조합이 설립되었거나 재개발 구역으로 지정되었다고 해서 즉시 입주권으로 전환되는 것은 아닙니다.

조합원입주권과 분양권의 차이

조합원입주권과 분양권은 모두 향후 신축 주택을 취득할 수 있는 권리이지만 발생 과정이 다릅니다.

구분	조합원입주권	분양권
발생 원인	기존 토지·건물 소유자가 정비사업 조합원 자격으로 취득	청약 당첨 또는 분양계약
주요 확인 시점	관리처분계획인가일 등	분양계약일 또는 당첨일
취득가액 계산	종전 부동산 평가액과 추가분담금 등을 반영	분양대금과 프리미엄 등을 반영
양도차익 계산	인가 전 부동산 부분과 인가 후 권리 부분을 구분할 수 있음	분양권 취득가액과 양도가액을 기준으로 계산
장기보유특별공제	원조합원의 인가 전 부동산 양도차익 등에 제한적으로 적용	일반적으로 권리 보유기간에는 적용되지 않음

명칭이 비슷하더라도 세금 계산에 필요한 자료와 적용되는 특례가 다르므로 계약서에 적힌 권리의 종류부터 정확하게 확인해야 합니다.

원조합원과 승계조합원의 차이

원조합원은 관리처분계획인가 전에 기존 주택이나 토지를 취득하고 해당 부동산이 입주권으로 전환된 사람을 말합니다.

승계조합원은 관리처분계획인가 이후 기존 조합원으로부터 입주권을 매수한 사람입니다.

원조합원

원조합원은 기존 부동산을 보유한 기간과 입주권으로 전환된 이후의 기간을 구분해 양도차익을 계산할 수 있습니다. 기존 주택과 토지에 해당하는 양도차익에는 요건에 따라 장기보유특별공제가 적용될 수 있습니다.

승계조합원

승계조합원은 입주권 자체를 취득한 것이므로 매수한 입주권의 취득가액과 양도가액을 중심으로 세금을 계산합니다. 원조합원이 기존 주택을 보유했던 기간을 승계조합원의 보유기간으로 인정받는 것은 아닙니다.

입주권 매매계약을 체결할 때는 원조합원 물건인지, 관리처분계획인가 후 승계된 물건인지 반드시 구분해야 합니다.

재개발 재건축 조합원입주권 양도세와 비과세 요건을 확인하는 모습

조합원입주권도 주택 수에 포함될까?

조합원입주권은 실제로 입주할 수 있는 완성된 주택은 아니지만 양도소득세를 판단할 때 주택 수에 포함될 수 있습니다.

따라서 주택 한 채와 조합원입주권 한 개를 함께 보유한 상태에서 주택을 양도하면 단순한 1세대 1주택으로 인정되지 않을 수 있습니다.

다음 항목을 함께 확인해야 합니다.

입주권 취득일
기존 주택 취득일
관리처분계획인가일
다른 주택 또는 분양권 보유 여부
기존 주택 양도일
신축 주택 완공일
신축 주택 전입일과 실제 거주기간

입주권의 주택 수 포함 여부는 단순 보유 개수만으로 판단하기 어렵습니다. 일시적 1주택·1입주권 특례나 재개발·재건축 대체주택 특례가 적용될 수 있기 때문입니다.

조합원입주권 자체를 양도할 때 비과세 요건

1세대가 보유한 1주택이 재개발·재건축으로 조합원입주권으로 전환된 후 그 입주권을 양도하더라도 일정한 요건을 충족하면 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있습니다.

대표적인 확인 요건은 다음과 같습니다.

관리처분계획인가일 또는 그 전에 주택이 철거된 경우 철거일 현재 기존 주택이 1세대 1주택 비과세 요건을 충족해야 합니다.
입주권 양도일 현재 다른 주택이나 분양권 등을 보유하고 있지 않아야 합니다.
다른 주택을 보유하고 있다면 법에서 정한 예외 요건과 처분기한을 충족해야 합니다.
양도가액이 고가주택 기준을 초과하면 초과 부분에 대한 양도차익은 과세될 수 있습니다.

현재 1세대 1주택 비과세의 고가주택 기준은 양도가액 12억원입니다. 입주권 양도가액이 12억원을 초과한다고 해서 전체 양도차익이 과세되는 것은 아니며, 12억원 초과분에 대응하는 양도차익이 과세 대상이 됩니다.

관리처분계획인가일 현재 비과세 요건이 중요한 이유

기존 주택이 입주권으로 바뀐 후에는 양도일만 확인해서 비과세 여부를 판단할 수 없습니다.

관리처분계획인가일 또는 철거일 당시 기존 주택이 다음 요건을 갖추었는지가 중요합니다.

1세대가 국내에 주택 한 채만 보유했는지
필요한 보유기간을 충족했는지
취득 당시 조정대상지역에 해당해 거주요건이 적용되는지
실제 거주기간을 충족했는지
다른 주택, 입주권 또는 분양권을 함께 보유했는지

예를 들어 조정대상지역에 있는 주택을 거주요건이 적용되는 시기에 취득했다면 단순히 2년 이상 보유한 것만으로 비과세 요건을 충족하지 못할 수 있습니다.

1주택과 1입주권을 함께 보유한 경우

1세대 1주택자가 해당 주택을 취득한 날부터 일정 기간이 지난 후 조합원입주권을 취득하고 기존 주택을 양도하는 경우에는 일시적 1주택·1입주권 특례를 검토할 수 있습니다.

일반적으로 기존 주택을 취득한 날부터 1년 이상 지난 후 입주권을 취득하고, 입주권 취득일부터 3년 이내에 기존 주택을 양도하면 특례 적용 가능성이 있습니다.

입주권 취득일부터 3년이 지난 후 기존 주택을 양도하는 경우에도 다음과 같은 실수요 요건을 충족하면 특례가 적용될 수 있습니다.

재개발·재건축으로 완성된 신축 주택에 법정 기한 내 세대 전원이 이사할 것
신축 주택에서 계속하여 1년 이상 거주할 것
기존 주택을 신축 주택 완공 전 또는 완공 후 법정 기한 내 양도할 것

취학, 근무상 형편, 질병 치료 등 부득이한 사유가 있으면 세대 전원 이사 요건에 예외가 인정될 수 있습니다.

사업 지연으로 준공일이 변경되는 사례가 많으므로 예상 입주일이 아니라 실제 사용승인일과 입주 가능일을 기준으로 처분기한을 관리해야 합니다.

재개발·재건축 대체주택 비과세 특례

정비사업 기간에 거주하기 위해 다른 주택을 취득했다면 대체주택 비과세 특례를 검토할 수 있습니다.

대표적인 요건은 다음과 같습니다.

사업시행인가일 이후 대체주택을 취득할 것
대체주택에서 1년 이상 거주할 것
신축 주택 완공 후 법정 기한 내 세대 전원이 이사할 것
신축 주택에서 1년 이상 계속 거주할 것
대체주택을 신축 주택 완공 전 또는 완공 후 법정 기한 내 양도할 것

사업시행인가 전에 대체주택을 취득하거나 실제 거주기간이 부족하면 특례가 적용되지 않을 수 있습니다.

또한 대체주택 특례와 일시적 1주택·1입주권 특례는 적용 구조가 다르므로 어느 특례에 해당하는지 먼저 구분해야 합니다.

조합원입주권 양도차익 계산방법

원조합원의 입주권 양도차익은 일반적으로 다음 두 구간으로 나누어 계산합니다.

기존 주택 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 부동산 양도차익
관리처분계획인가일부터 입주권 양도일까지의 권리 양도차익

추가분담금을 납부한 원조합원의 개념적인 계산 구조는 다음과 같습니다.

관리처분계획인가 전 양도차익

종전 부동산 평가액
- 기존 주택과 토지의 취득가액
- 관리처분계획인가 전 필요경비
= 인가 전 양도차익

관리처분계획인가 후 양도차익

입주권 양도가액
- 종전 부동산 평가액
- 납부한 추가분담금
- 관리처분계획인가 후 필요경비
= 인가 후 양도차익

전체 양도차익

인가 전 양도차익 + 인가 후 양도차익

실제 신고에서는 조합원 권리가액, 종전 부동산 평가액, 조합원 분양가, 추가분담금 및 청산금의 성격을 구분해야 합니다.

같은 명칭의 금액이라도 조합의 정산 방식에 따라 세법상 반영 위치가 달라질 수 있으므로 조합에서 발급한 분담금 납부확인서와 관리처분계획 자료를 확인해야 합니다.

조합에서 청산금을 받은 경우

신축 주택의 권리가액보다 종전 부동산 평가액이 크면 조합으로부터 청산금을 받을 수 있습니다.

청산금을 받는 경우에는 기존 부동산의 일부가 조합에 유상으로 이전된 것으로 보아 청산금 수령 단계에서 양도소득세가 발생할 수 있습니다.

이후 남은 입주권을 다시 양도하면 이미 청산금으로 정산된 부분과 남아 있는 권리 부분을 구분해야 합니다.

주의할 점은 다음과 같습니다.

청산금 지급 결정일과 실제 수령일
종전 부동산 평가액
권리가액과 조합원 분양가
청산금에 대응하는 취득가액
과거 청산금 수령 당시 양도소득세 신고 여부

청산금이 있는 입주권은 단순히 입주권 매도가액에서 기존 주택 취득가액을 빼는 방식으로 계산하면 양도차익이 중복되거나 누락될 수 있습니다.

조합원입주권 양도차익과 추가분담금 계산 구조를 검토하는 모습

추가분담금은 모두 필요경비가 될까?

조합에 실제로 납부한 추가분담금은 일반적으로 입주권이나 신축 주택의 취득가액에 반영됩니다.

다만 다음 금액은 성격을 구분해야 합니다.

조합원 분양가에 포함된 추가분담금
유상옵션과 확장공사 비용
조합 운영비 또는 연체료
이주비 대출이자
취득세와 법무사 비용
입주권 매매 중개보수
사업 과정에서 납부한 각종 부담금

납부 사실만으로 모든 비용이 자동 인정되는 것은 아닙니다. 자산 취득에 직접 사용된 비용인지, 개인적인 금융비용인지에 따라 필요경비 인정 여부가 달라질 수 있습니다.

계좌이체 내역만 보관하기보다는 조합 납부확인서, 세금계산서, 영수증 및 계약서를 함께 준비하는 것이 안전합니다.

장기보유특별공제 적용방법

원조합원이 입주권을 양도할 때 장기보유특별공제는 전체 양도차익에 일괄 적용되지 않습니다.

일반적으로 기존 주택과 토지를 취득한 날부터 관리처분계획인가일까지 발생한 부동산 양도차익을 대상으로 적용 여부를 판단합니다.

관리처분계획인가 후 입주권 프리미엄 등 권리에서 발생한 양도차익에는 장기보유특별공제가 적용되지 않는 것이 원칙입니다.

양도차익 구분	장기보유특별공제 검토
기존 주택 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 차익	보유기간과 과세 요건에 따라 적용 가능
관리처분계획인가 후 입주권에서 발생한 차익	일반적으로 적용되지 않음
승계조합원이 입주권을 매수한 후 발생한 차익	기존 조합원의 주택 보유기간을 승계하지 않음
신축 주택 완공 후 주택을 양도한 경우	완공 전후 기간과 취득 형태에 따라 별도 계산

1세대 1주택 장기보유특별공제는 보유기간과 거주기간을 함께 판단하므로 단순 보유연수만으로 공제율을 적용해서는 안 됩니다.

입주권을 매수한 승계조합원의 취득가액

승계조합원이 입주권을 매수했다면 실제 지급한 매매대금과 승계한 추가분담금의 관계를 확인해야 합니다.

매매계약서에는 다음 내용이 명확하게 표시되어야 합니다.

입주권 매매대금
프리미엄 금액
이미 납부된 분담금
매수인이 승계할 분담금
청산금 발생 여부
조합원 지위 승계 기준일
중개보수와 법무비용

계약서에 총액만 표시되어 있으면 취득가액과 분담금의 구분이 어려워질 수 있습니다.

또한 매도자가 이미 납부한 분담금을 매수자가 매매대금에 포함해 지급했다면 동일한 금액을 다시 필요경비로 중복 반영하지 않도록 주의해야 합니다.

신축 주택 완공 후 양도하는 경우

입주권 상태에서 양도하지 않고 신축 주택이 완공된 후 양도하면 주택의 양도로 신고하게 됩니다.

이때 취득가액은 일반적으로 다음 금액을 토대로 구성됩니다.

종전 주택과 토지의 취득가액
조합에 납부한 추가분담금
인정되는 취득 부대비용
신축 주택 취득과 직접 관련된 필요경비

보유기간과 거주기간 계산은 원조합원인지 승계조합원인지, 1세대 1주택 특례를 적용하는지에 따라 달라질 수 있습니다.

신축 주택의 사용승인일만을 최초 취득일로 보고 기존 주택 보유기간을 전부 제외하거나, 반대로 기존 주택 취득일부터 전체 기간을 무조건 합산하는 방식은 모두 오류가 될 수 있습니다.

조합원입주권 양도세율

조합원입주권 양도세율은 다음 요소에 따라 달라집니다.

입주권 보유기간
원조합원 또는 승계조합원 여부
양도일 현재 다른 주택과 권리 보유 여부
비과세 특례 적용 여부
단기 보유자산 해당 여부
해당 연도의 소득세법상 세율과 중과 규정

입주권은 권리 상태에서 양도하는지, 신축 주택 완공 후 양도하는지에 따라 자산의 종류와 세율 판단이 달라질 수 있습니다.

계약일이 아니라 원칙적인 양도시기인 잔금청산일을 기준으로 적용 법령과 세율을 확인해야 합니다. 잔금 전에 소유권이나 조합원 지위가 이전되었다면 별도 판단이 필요할 수 있습니다.

입주권을 보유한 상태에서 다른 주택을 팔 때

조합원입주권 양도세는 입주권 자체를 팔 때만 문제가 되는 것이 아닙니다.

입주권을 보유한 상태에서 다른 주택을 먼저 양도하면 해당 입주권 때문에 1세대 1주택 비과세가 배제될 수 있습니다.

다음 순서를 확인해야 합니다.

기존 주택과 입주권의 취득 순서를 확인합니다.
입주권 취득 당시 기존 주택 보유기간을 확인합니다.
기존 주택 양도일까지 경과한 기간을 계산합니다.
신축 주택 완공 예정일과 실제 완공일을 확인합니다.
신축 주택 전입 및 1년 이상 거주 계획을 확인합니다.
일시적 1주택·1입주권 특례 적용 여부를 검토합니다.

정비사업은 소송, 공사 중단, 시공사 변경 등으로 준공이 늦어질 수 있으므로 처분 계획에는 일정상 여유를 두는 것이 좋습니다.

가족 명의의 주택과 입주권도 확인해야 한다

양도소득세의 1세대 1주택 여부는 개인이 아니라 세대를 기준으로 판단합니다.

본인 명의의 주택만 확인하지 말고 배우자와 같은 세대원의 보유자산도 함께 확인해야 합니다.

배우자 명의 주택
세대원 명의 조합원입주권
분양권
상속주택
공동명의 주택
주거용으로 사용하는 오피스텔

주민등록상 세대가 분리되어 있어도 배우자는 원칙적으로 같은 세대로 판단될 수 있습니다. 생계를 같이하는 가족 역시 실제 생활관계에 따라 같은 세대로 볼 수 있으므로 형식적인 주소만으로 판단하면 안 됩니다.

양도소득세 신고기한

조합원입주권을 양도하면 원칙적으로 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세 예정신고와 납부를 해야 합니다.

예를 들어 2026년 8월 중 잔금을 받고 입주권을 이전했다면 일반적인 예정신고 기한은 2026년 10월 31일까지입니다. 신고기한의 마지막 날이 토요일이나 공휴일이면 다음 영업일까지 연장될 수 있습니다.

같은 해에 다른 부동산이나 권리를 추가로 양도했다면 다음 해 확정신고 대상이 되는지도 확인해야 합니다.

신고는 홈택스 또는 관할 세무서를 통해 진행할 수 있습니다.

재개발 재건축 입주권 비과세와 신고서류를 확인하는 체크리스트

입주권 양도세 신고 준비서류

원조합원은 기존 부동산 취득부터 입주권 양도까지의 자료를 모두 준비해야 합니다.

기본 서류

입주권 양도계약서
기존 주택과 토지의 취득계약서
등기사항증명서
관리처분계획인가 관련 서류
조합원 분양계약서
종전 부동산 평가액 확인서
조합원 권리가액 확인서
추가분담금 납부확인서
청산금 지급 또는 수령 자료
중개보수와 법무비용 영수증
취득세 납부확인서

비과세 또는 특례 신청 서류

주민등록표 등본과 초본
세대원의 주택 보유 현황 자료
실제 거주기간을 확인할 수 있는 자료
신축 주택 사용승인 관련 서류
전입일 확인자료
취학, 근무, 치료 등 부득이한 사유의 증빙
기존 주택과 입주권의 취득일 확인자료

오래전에 취득한 주택은 계약서가 없거나 실제 취득가액을 확인하기 어려운 경우가 있습니다. 이런 경우에는 환산취득가액 적용 여부 등 별도의 계산방법을 검토해야 합니다.

자주 발생하는 신고 실수

1. 입주권을 일반 분양권으로 신고하는 경우

조합원입주권과 분양권은 취득 경위와 양도차익 계산방법이 다릅니다. 자산 종류를 잘못 선택하면 취득가액과 공제액이 잘못 계산될 수 있습니다.

2. 관리처분계획인가일을 확인하지 않는 경우

인가일은 기존 부동산과 입주권을 구분하는 핵심 기준입니다. 조합설립인가일이나 사업시행인가일을 관리처분계획인가일로 잘못 적용하지 않도록 주의해야 합니다.

3. 추가분담금을 누락하는 경우

실제로 납부한 추가분담금을 취득가액에 반영하지 않으면 양도차익과 세금이 과다하게 계산될 수 있습니다.

4. 분담금을 중복으로 공제하는 경우

입주권 매매대금에 이미 포함된 납부 분담금을 다시 필요경비로 공제하면 취득가액이 중복 계산될 수 있습니다.

5. 전체 양도차익에 장기보유특별공제를 적용하는 경우

관리처분계획인가 후 입주권 프리미엄에서 발생한 차익에는 일반적으로 장기보유특별공제가 적용되지 않습니다.

6. 입주권을 주택 수에서 제외하는 경우

입주권을 보유한 상태에서 다른 주택을 양도하면서 무조건 1세대 1주택 비과세를 적용하면 추후 세금이 추징될 수 있습니다.

7. 예상 준공일만 믿고 처분기한을 계산하는 경우

정비사업은 준공이 지연될 수 있습니다. 특례 적용 여부는 실제 완공일, 양도일 및 전입일을 기준으로 다시 확인해야 합니다.

양도 전 최종 체크리스트

[ ] 원조합원과 승계조합원 중 어디에 해당하는지 확인했다.
[ ] 관리처분계획인가일 또는 철거일을 확인했다.
[ ] 기존 주택 취득가액과 취득일을 확인했다.
[ ] 종전 부동산 평가액과 조합원 권리가액을 구분했다.
[ ] 추가분담금과 청산금 자료를 준비했다.
[ ] 배우자와 세대원의 주택·입주권·분양권을 확인했다.
[ ] 1세대 1주택 또는 일시적 1주택·1입주권 특례를 검토했다.
[ ] 신축 주택의 완공일과 전입·거주 요건을 확인했다.
[ ] 장기보유특별공제를 인가 전 양도차익과 구분해 계산했다.
[ ] 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내 신고 일정을 확인했다.

정리

재개발·재건축 조합원입주권 양도세는 일반 주택 매매보다 계산 구조가 복잡합니다.

원조합원은 기존 주택의 취득부터 관리처분계획인가 전까지 발생한 양도차익과 인가 후 입주권에서 발생한 양도차익을 구분해야 합니다. 추가분담금이나 청산금이 있다면 조합 정산자료도 반드시 반영해야 합니다.

또한 입주권은 다른 주택을 양도할 때 주택 수에 영향을 줄 수 있습니다. 1세대 1주택 비과세, 일시적 1주택·1입주권 특례 또는 대체주택 특례를 적용하려면 취득 순서와 처분기한, 신축 주택의 전입·거주 요건을 모두 충족해야 합니다.

입주권 매매계약을 체결하기 전 관리처분계획인가일, 세대원의 주택 보유 현황, 추가분담금과 예상 양도차익을 먼저 확인하면 비과세 배제나 필요경비 누락 위험을 줄일 수 있습니다.

참고자료

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